연결집단의 모ㆍ자법인이 그 연결집단의 손법인에 합병된 경우 모ㆍ자법인의 결손금과 공제된 손법인의 소득금액 익금산입 여부

모법인, 자법인, 손법인이 연결납세방식을 적용받던 중 손법인이 모법인 및 자법인을 흡수합병하는 경우 연결사업연도 중 손법인의 소득금액에서 공제되었던 모ㆍ자법인의 결손금은 손법인의 익금에 산입하지 않음

○A법인은 제과･제빵 및 판매사업을 주목적으로 하는 법인으로 B법인의 주식 96.41%(잔여 3.59%는 자기주식)를 보유하고 있으며

-B법인은 다시 C법인의 주식 100%를 보유하고 있어 A법인(母법인) ➡ B법인(子법인) ➡ C법인(孫법인)의 연속지배관계를 형성하고 있음

○A법인은 B법인 및 C법인을 연결자법인으로 하여 연결사업연도를 매년 3월 1일부터 다음 해 2월 28일(29일)까지로 한 연결납세방식을 2016사업연도부터 적용하고 있으며

-연결납세방식 적용에 따라 법인세 신고 시 A법인과 B법인의 결손금을 C법인의 소득금액에서 공제하였음

○A･B･C법인은 C법인을 합병법인 그리고 A･B법인을 피합병법인으로 하고 합병등기일을 ’19.12.1.로 한 3자 동시합병에 진행 중에 있으며

-B법인은 '19.10.2. 임시주주총회를 개최하여 자기주식 3.59%(***주를 소각하기로 결의하고 같은 날 공시하였음

2. 질의내용

○연쇄적 완전지배에 의해 연결납세방식을 적용하는 모법인 및 자법인이 연결사업연도 중 그 연결집단에 속하는 손법인에 흡수합병되는 경우

-과거 연결사업연도 중 손법인의 소득금액에서 공제하였던 모･자법인의 결손금 상당액을 합병등기일이 속하는 사업연도에 손법인의 익금에 산입하는지 여부

3. 관련법령

○법인세법 제2조【정의】

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. <개정 2018.12.24.>

6. "연결납세방식"이란 둘 이상의 내국법인을 하나의 과세표준과 세액을 계산하는 단위로 하여 제2장의3에 따라 법인세를 신고ㆍ납부하는 방식을 말한다.

7. "연결법인"이란 연결납세방식을 적용받는 내국법인을 말한다.

8. "연결집단"이란 연결법인 전체를 말한다.

9. "연결모법인"(連結母法人)이란 연결집단 중 다른 연결법인을 완전 지배하는 연결법인을 말한다.

10."연결자법인"(連結子法人)이란 연결모법인의 완전 지배를 받는 연결법인을 말한다.

○법인세법 제76조의8【연결납세방식의 적용 등】

① 다른 내국법인을 완전 지배하는 내국법인 [비영리법인 등 대통령령으로 정하는 법인은 제외하며, 이하 이 항에서 "완전모법인"(完全母法人)이라 한다]과 그 다른 내국법인 [청산 중인 법인 등 대통령령으로 정하는 법인은 제외한다. 이하 이 장에서 "완전자법인"(完全子法人)이라 <개정 2011.12.31>]은 대통령령으로 정하는 바에 따라 완전모법인의 납세지 관할지방국세청장의 승인을 받아 연결납세방식을 적용할 수 있다. 이 경우 완전자법인이 둘 이상일 때에는 해당 법인 모두가 연결납세방식을 적용하여야 한다.

② 제1항에 따라 연결납세방식을 적용받는 각 연결법인의 사업연도는 연결사업연도와 일치하여야 한다.

이 경우 연결사업연도의 기간은 1년을 초과하지 못하며, 연결사업연도의 변경에 관하여는 제7조를 준용한다.

③ 제2항을 적용할 때 사업연도(이하 제76조의9 및 제76조의10에서 "본래사업연도"라 한다)가 법령 등에 규정되어 연결사업연도와 일치시킬 수 없는 완전자법인으로서 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 내국법인인 경우에는 연결사업연도를 해당 내국법인의 사업연도로 보아 연결납세방식을 적용할 수 있다.

④ 연결법인의 납세지는 제9조제1항에도 불구하고 연결모법인의 납세지로 한다.

⑤ 제2조제9호·제10호 및 이 장에서 "완전 지배"란 내국법인이 다른 내국법인의 발행주식총수(주식회사가 아닌 법인인 경우에는 출자총액을 말하며, 의결권 없는 주식등을 포함한다. 이하 이 항에서 같다)의 전부(근로복지기본법 제2조제4호에 따른 우리사주조합을 통하여 근로자가 취득한 주식 등 대통령령으로 정하는 주식으로서 발행주식총수의 100분의 5 이내의 주식은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)를 보유하는 경우를 말하며, 내국법인과 그 내국법인의 완전자법인이 보유한 다른 내국법인의 주식등의 합계가 그 다른 내국법인의 발행주식총수의 전부인 경우를 포함한다. <개정 2018.12.24>

⑥ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 합병, 분할 또는 주식의 포괄적 교환·이전의 경우에는 그 합병일, 분할일 또는 교환·이전일이 속하는 연결사업연도에 한정하여 제2항, 제76조의11제1항 및 제76조의12제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 연결납세방식을 적용할 수 있다. <개정 2011.12.31>

1.제1항에 따라 연결납세방식을 적용받는 연결모법인 간의 적격합병

2.제1항에 따라 연결납세방식을 적용받는 연결모법인 간의 주식의 포괄적 교환·이전(조세특례제한법 제38조에 따라 과세이연을 받는 경우만 해당한다)

3.제1항에 따라 연결납세방식을 적용받는 연결모법인의 적격분할

○법인세법 시행령 제120조의12【연결납세방식의 적용제외 법인 등】

① 법 제76조의8제1항 전단 중 "비영리법인 등 대통령령으로 정하는 법인"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.

1.비영리내국법인

2.해산으로 청산 중인 법인

3.법 제51조의2제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인

4.다른 내국법인(비영리내국법인은 제외한다)으로부터 법 제76조의8제5항에 따른 완전지배를 받는 법인

5. 삭제 <2010.12.30>

6.조세특례제한법제100조의15제1항의 동업기업과세특례를 적용하는 동업기업

7.조세특례제한법제104조의10제2항의 과세표준계산특례를 적용하는 법인

② 법 제76조의8 제1항 전단에서 “청산 중인 법인 등 대통령령으로 정하는 법인”이란 제1항제2호, 제3호, 제6호 및 제7호의 법인을 말한다.

○법인세법 제76조의9【연결납세방식의 취소】

① 연결모법인의 납세지 관할지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 연결납세방식의 적용 승인을 취소할 수 있다. <개정 2015.12.15>

1.연결법인의 사업연도가 연결사업연도와 일치하지 아니하는 경우

2.연결모법인이 완전 지배하지 아니하는 내국법인에 대하여 연결납세방식을 적용하는 경우

3.연결모법인의 완전자법인에 대하여 연결납세방식을 적용하지 아니하는 경우

4.제66조제3항 단서에 따른 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 연결법인의 소득금액을 계산할 수 없는 경우

5.연결법인에 제69조제1항에 따른 수시부과사유가 있는 경우

6.연결모법인이 다른 내국법인(비영리내국법인은 제외한다)의 완전 지배를 받는 경우

② 연결납세방식을 적용받은 각 연결법인은 연결납세방식을 적용받은 연결사업연도와 그 다음 연결사업연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 연결사업연도 중에 제1항에 따라 연결납세방식의 적용 승인이 취소된 경우 다음 각 호의 구분에 따라 소득금액이나 결손금을 연결납세방식의 적용 승인이 취소된 사업연도의 익금 또는 손금에 각각 산입하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다. <신설 2015.12.15>

1.연결사업연도 동안 제76조의14제1항에 따라 다른 연결법인의 결손금과 합한 해당 법인의 소득금액: 익금에 산입

2.연결사업연도 동안 제76조의14제1항에 따라 다른 연결법인의 소득금액과 합한 해당 법인의 결손금: 손금에 산입

③ 제1항에 따라 연결납세방식의 적용 승인이 취소된 연결법인은 취소된 날이 속하는 사업연도와 그 다음 사업연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 사업연도까지는 연결납세방식의 적용 당시와 동일한 법인을 연결모법인으로 하여 연결납세방식을 적용받을 수 없다.

④ 제1항에 따라 연결납세방식의 적용 승인이 취소된 경우 제76조의13제1항제1호의 금액 중 각 연결법인에 귀속하는 금액으로서 대통령령으로 정하는 금액은 해당 연결법인의 제13조제1항제1호의 결손금으로 본다. <개정 2018.12.24>

⑤ 제1항에 따라 연결납세방식의 적용 승인이 취소된 경우 제76조의18에 따라 납부한 연결중간예납세액 중 같은 조 제4항의 연결법인별 중간예납세액은 제64조제1항을 적용할 때에 같은 항 제2호의 중간예납세액으로 본다. <개정 2015.12.15>

⑥ 제76조의8제3항에 따라 연결납세방식을 적용받은 연결법인이 제1항에 따라 연결납세방식의 적용 승인이 취소된 경우 취소된 날이 속하는 연결사업연도의 개시일부터 그 연결사업연도의 종료일까지의 기간과 취소된 날이 속하는 연결사업연도 종료일의 다음 날부터 본래사업연도 개시일 전날까지의 기간을 각각 1사업연도로 본다. <개정 2015.12.15>

○법인세법 제76조의10【연결납세방식의 포기】

① 연결납세방식의 적용을 포기하려는 연결법인은 연결납세방식을 적용하지 아니하려는 사업연도 개시일 전 3개월이 되는 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 연결모법인의 납세지 관할지방국세청장에게 신고하여야 한다. 다만, 연결납세방식을 최초로 적용받은 연결사업연도와 그 다음 연결사업연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 연결사업연도까지는 연결납세방식의 적용을 포기할 수 없다.

② 제1항에 따라 연결납세방식의 적용을 포기하는 경우에는 제76조의9제3항 및 제4항을 준용한다. 이 경우 제76조의9제3항 중 "취소된 날이 속하는 사업연도"는 "연결납세방식이 적용되지 아니하는 최초의 사업연도"로 본다. <개정 2015.12.15>

○법인세법 제76조의12【연결자법인의 배제】

① 연결모법인의 완전 지배를 받지 아니하게 되거나 해산한 연결자법인은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 연결사업연도의 개시일부터 연결납세방식을 적용하지 아니한다. 다만, 연결자법인이 다른 연결법인에 흡수합병되어 해산하는 경우에는 해산등기일이 속하는 연결사업연도에 연결납세방식을 적용할 수 있다. <개정 2011. 12. 31.>

② 연결납세방식을 적용받은 연결사업연도와 그 다음 연결사업연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 연결사업연도 중에 제1항 본문에 따라 연결납세방식을 적용하지 아니하는 경우 다음 각 호의 구분에 따라 소득금액 또는 결손금을 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 익금 또는 손금에 각각 산입하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2015.12.15>

1.연결사업연도 동안 제76조의14제1항에 따라 다른 연결법인의 결손금과 합한 연결배제법인(제1항 본문에 따라 연결납세방식을 적용하지 아니하게 된 개별법인을 말한다. 이하 이 조에서 같다)의 소득금액: 연결배제법인의 익금에 산입

2.연결사업연도 동안 제76조의14제1항에 따라 다른 연결법인의 소득금액과 합한 연결배제법인의 결손금: 연결배제법인의 손금에 산입

3.연결사업연도 동안 제76조의14제1항에 따라 연결배제법인의 결손금과 합한 해당 법인의 소득금액: 해당 법인의 익금에 산입

4.연결사업연도 동안 제76조의14제1항에 따라 연결배제법인의 소득금액과 합한 해당 법인의 결손금: 해당 법인의 손금에 산입

③ 제1항 본문에 따라 연결납세방식을 적용하지 아니하는 경우에는 제76조의9제3항부터 제6항까지의 규정을 준용한다. <신설 2015. 12. 15.>

④ 제1항에 따라 연결자법인이 변경된 경우 그 변경신고에 관하여는 제76조의11제3항을 준용한다. <개정 2015. 12. 15.>

○법인세법 시행령 제120조의16【연결법인의 변경신고 등】

① 법 제76조의11제3항에 따라 연결모법인이 연결자법인의 변경 사실을 신고하는 때에는 기획재정부령으로 정하는 연결법인 변경신고서를 납세지 관할세무서장을 경유하여 관할지방국세청장에게 제출하여야 한다. <신설 2016.2.12>

② 법 제76조의12제2항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우"란 연결자법인이 파산함에 따라 해산하는 경우 또는 연결자법인이 다른 연결법인에 흡수합병되어 해산하는 경우를 말한다. <신설 2016.2.12>